Výzkumný tým 19: Interakce rostlinných virů s hostiteli a vektory
https://publons.com/researcher/3097444/jiban-kumar-kundu/
RG: https://www.researchgate.net/profile/Jiban_Kundu
https://scholar.google.com/citations?user=5awHwHwAAAAJ&hl=cs&oi=ao
https://loop.frontiersin.org/people/148701/overview
Rámec a cíle výzkumu v týmu:
Interakce rostlinných virů s hostiteli a vektory jsou vyvinout účinnou regulaci virových patogenů a ochranu plodin vůči virózám a jejich vektorům. Výzkum zahrnuje genomické studium rostlinných virů, ekologii vektorů a epidemiologii viróz obilnin, řepky, cukrové řepy, rajčat (ale také dalších polních a zahradních plodin), inovaci diagnostických metod pro detekci a kvantifikaci virových infekcí v reálném čase, studium mechanizmů rezistence rostlin vůči virům, identifikaci nových zdrojů rezistence vůči virům a zlepšení odolnosti rostlin vůči virózám.
Specifikace činností:
- diagnostika a epidemiologie virových patogenů obilnin (virus zakrslosti pšenice – WDV, virus žluté zakrslosti ječmene – BYDV, virus čárkovité mozaiky pšenice – WSMV), řepky (virus žloutenky vodnice – TuYV, virus mozaiky květáku – CaMV, virus mozaiky vodnice – TuMV, virus žloutenky brukve – BrYV), cukrové řepy (virus žloutenky řepy – BYV, virus mírného žloutnutí řepy – BMYV, virus chlorózy řepy – BChV, virus žloutenky vodnice – TuYV a virus mozaiky řepy – BtMV) a rajčat (virus hnědé vrásčitosti plodů rajčete – ToBRFV a virus bronzovitosti rajčete – TSWV)
- rozvoj molekulárních metod pro studium interakci virus-hostitel: metody RNA-seq, metody bioinformatiky a RT-qPCR pro širokospektrální detekci virů, studium RNA transkriptomů a exprese genů souvisejících s rezistencí rostlin vůči virům
- rezistence rostlin (plodin) vůči virovým patogenům: hodnocení odolnosti genotypů a identifikace zdrojů rezistence obilnin vůči BYDV/WDV/WSMV, řepky vůči TuYV, cukrové řepy vůči BYV a BChV, rajčat vůči ToBRFV a TSWV
- identifikace a charakterizace genů či transkriptů souvisejících s obrannou reakcí rostlin vůči virovým patogenům obilnin (WDV, BYDV), řepky (TuYV), cukrovky (BYV, BChV) a rajčat (TSWV, ToBRFV)
- indukovaná rezistence vůči virovým patogenům s využitím mikroorganismů, CKX či nanočástic
- interakce virus-vektor: mšice, křísek polní
- vliv klimatických změn na virové patogeny a jejich vektory: vliv teploty a emise CO2 na rozvoj chorob u rostlin v souvislostech s jejich úrovní rezistence či náchylností vůči virům.
-
udržování virových patogenů obilnin, trav, brukvovitých rostlin a ovocných dřevin v rámci národního programu mikroorganizmů a jejich stálý rozvoj
- diagnostika virových patogenů jako servis pro pěstitele plodin, poradenské firmy a státní správu, detekce a determinace vektorů virů pro pěstitele
- zemědělské poradenství v oblasti virových chorob
Ing. Bc. Lucie Slavíková: zástupce vedoucího týmu, vědecká pracovnice, virové choroby polních plodin, přenašeči virů, diagnostika, rezistence plodin, poradenství
Ing. RNDr. Emad Ahmed Sayed Ibrahim, Ph.D.: vědecký pracovník: virové choroby cukrové řepy, molekulární biologie, exprese genů, metody diagnostiky virů
Mgr. Rohit Bharati, Ph.D.: vědecký pracovník – postdoc: molekulární biologie, bioinformatika, studium interakce rostlina-virus
Mgr. Hana Hoffmeisterová, Ph.D.: vědecká pracovnice: virové choroby rajčat, molekulární biologie, rezistence, metody diagnostiky virů
Bc. Markéta Vítámvásová: technik ve výzkumu – biologické pokusy, sérologická a molekulární diagnostika virů
Hana Novotná: technik ve výzkumu – biologické pokusy
Ph.D. studenti:
Priyanka Krishnamurthy, MSc.: Evaluation of resistance of Triticum aestivum to wheat dwarf virus (Fakulta agrobiologie, potravinových a přírodních zdrojů, ČZU v Praze)
Dilara Bozdogan, MSc.: Sugar beet infecting viruses and the resistance of beet genotypes to them (Fakulta agrobiologie, potravinových a přírodních zdrojů, ČZU v Praze)
Archita Sahu, MSc.: Analysis of climate resilience and virus resistance in oilseed crop Brassica genotypes (Fakulta tropického zemědělství, ČZU v Praze)
Nejvýznamnější aktuální výsledky týmu:
Citace:
Slavíková et al. (2024). Analysis of twenty years of suction trap data on the flight activity of Myzus persicae and Brevicoryne brassicae, two main vectors of oilseed rape infection viruses. Agronomy 14, 1931.
Du et al. (2025) Research on mixed sample test for the rapid detection of rice stripe virus and southern rice black-streaked dwarf virus in vector. Virology 604:110425.
Peng et al. (2023) Genetic Diversity Analysis of Brassica Yellows Virus Causing Aberrant Color Symptoms in Oilseed Rape. Plants 2023, 12, 1008.
Du et al. (2023) An improved method to efficiently acquire rice black-streaked dwarf virus viruliferous small brown planthoppers. Front. Genet. 2023,14:1111030.
Slavíková et al. (2023) Reakční směs pro detekci viru bronzovitosti rajčete ve vzorcích rajčete pomocí RTX – PCR. Užitný vzor č. 37551.
Slavíková et al. (2023) Reakční směs pro detekci genu replikázy viru hnědé vrásčitosti plodů rajčete ve vzorcích rajčat pomocí RTX-PCR. Užitný vzor č. 37554.
Slavíková et al. (2023) Reakční směs pro kvantifikaci viru hnědé vrásčitosti plodů rajčete ve vzorcích rajčat pomocí qPCR. Užitný vzor č. 37468.
Slavíková et al. (2023) Reakční směs pro kvantifikaci viru bronzovitosti rajčete ve vzorcích rajčat pomocí qPCR. Užitný vzor č. 37467
Slavíková et al. (2022) Weed hosts represent an important reservoir of turnip yellows virus and a possible source of virus introduction into oilseed rape crop. Viruses 14, 2511.
Hoffmeisterová et al. (2022) One-enzyme RTX-PCR for the detection of RNA viruses from multiple virus genera and crop plants. Viruses, 14(2), 298.
Sõmera et al. (2020) Sixty years after the first description: genome sequence and biological characterization of European wheat striate mosaic virus infecting cereal crops. Phytopathology, 110 (1):68-79.
Singh et al. (2020) Virome identification in wheat in the Czech Republic using small RNA deep sequencing. J. of Integrative Agriculture, 19(7):1825-1833.
Cejnar et al. (2020) Efficient confirmation of plant viral proteins and identification of specific viral strains by nanoLC-ESI-Q-TOF using single-leaf-tissue samples. Pathogens 9(11):966.
Rezistence rostlin vůči virovým patogenům a obranné reakce rostlin
Citace:
Zhuang et al. (2025). Protease activity of NIa-Pro determines systemic pathogenicity of clover yellow vein virus. Virology 604:110417.
Fousek et al. (2024) T. Quantitative Estimation of Promoter Activity in Cannabis sativa Using Agroinfiltration-Based Transient Gene Expression. Methods Mol Biol. 2787:245-253.
Zhang et al. (2024). Autophagy plays an antiviral defence role against tomato spotted wilt orthotospovirus and is counteracted by viral effector NSs. Mol Plant Pathol. 25(10):e70012.
Kundu et al. (2024). Editorial: Plant-virus interactions: crop resistance in focus. Front Plant Sci. 8;14:1354316.
Latif et al. (2024). Transgenic expression of artificial microRNA targeting soybean mosaic virus P1 gene confers virus resistance in plant. Transgenic Res. 33(3):149-157.
Ibrahim et al. (2023) Evaluation of Resistance of Oilseed Rape Genotypes to Turnip Yellows Virus. Plants, 12, 2501.
Sharaf et al. (2023) Transcriptome Dynamics in Triticum aestivum Genotypes Associated with Resistance against the Wheat Dwarf Virus. Viruses, 15, 689.
Alquicer et al. (2023) Identifying Putative Resistance Genes for Barley Yellow Dwarf Virus‐PAV in Wheat and Barley. Viruses 2023, 15, 716.
Ripl J., Kumar J. (2023) Využití odrůd pšenice s mírnou rezistencí k WDV při redukci insekticidní ochrany v jarním období. Ověřená technologie, VURV-OT-14/2023.
Alquicer et al. (2022) Sada primerů pro kvantifikaci exprese genu „nucleotide binding site-disease resistance protein“ v ječmeni a pšenici pomocí kvantitativní PCR. Užitný vzor č. 36226.
Alquicer et al. (2022) Sada primerů pro kvantitativní stanovení exprese genu Leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine-protein kinase ve vzorcích ječmene. Užitný vzor č. 36227.
Alquicer et al. (2022) Sada primerů pro kvantitativní stanovení exprese genu Leucine-richrepeat receptor like protein kinase ve vzorcích pšenice. Užitný vzor č. 36221.
Ripl J. (2022) Ozimá pšenice mírně náchylná WDV : VS-H 09 4/3. Funkční vzorek č. FV-05-2022.
Vrbovský et al. (2023) Genotyp řepky ozimé OP-BN-8135/DH. Funkční vzorek č. FV-12-2022.
Vrbovský et al. (2023) Genotyp řepky ozimé OP-BN-8137/DH. Funkční vzorek č. FV-13-2022.
Vrbovský et al. (2023) Genotyp řepky ozimé OP-BN-8148/DH. Funkční vzorek č. FV-14-2022.
Plchová et al. (2022) GoldenBraid-compatible virus-based vector system for transient expression of heterologous proteins in plants. Viruses 14, 1099.
Yadav et al. (2022) A comprehensive analysis of calmodulin-Like proteins of glycine max indicates their role in calcium signaling and plant defense against insect attack. Frontiers in Plant Science, 13:817950.
Singh et al. (2021) Long-term efficacy and safety of RNAi-mediated virus resistance in ‘HoneySweet’ Plum. Frontiers in Plant Science 12:726881.
Ravelonandro et al. (2021) Robust response to Plum pox virus infection via plant biotechnology. Genes 12 (6):816.
Jarošová et al. (2020) Analysis of small RNAs of barley genotypes associated with resistance to Barley yellow dwarf virus. Plants, 9(1), 60.
Zhang et al. (2020) Transcriptome analysis of rice reveals the lncRNA–mRNA regulatory network in response to Rice black-streaked dwarf virus infection. Viruses, 12(9):951.
- FW04020104: Zvýšení rentability pěstování řepy cukrové v kontextu zvýšeného výskytu virových žloutenek a trvale udržitelného snižování podílu pesticidů v EU
- TM04000026: Efektivní metody diagnostiky tobamovirů a tospovirů, zlepšení metody ochrany a zvýšení odolnosti rajčat proti těmto patogenům
- QL25020010: Výzkum nástrojů pro rentabilní a udržitelnou produkci osiv minoritních plodin a zelenin
- QL25020031: Vyvinutí a zavedení metodiky na testování a hodnocení úrovně rezistence / tolerance odrůd cukrové řepy k virovým žloutenkám
______________________________________________________________________
Webová stránka týmu byla aktualizována k 14. 4. 2025